A törzsről és a gyökerekről: A japán bonsai fa részei: a főgyökér, mellékgyökerek, a törzs, vesszők és ágak, levelek és a rügyek. A gyökérrel (az erőteljesebb, vastagabb) kapaszkodik a fa a földben, a mellékgyökerek, melyek a gyökerek utolsó 10 cm-es szakaszán vannak, (hajszálgyökerek) a víz és tápanyagfelvételnél van nagy szerepük, illetve a oxigénfelvételnél, ugyanis a gyökerek is lélegeznek. Nagyon fontos, hogy a bonsai sose legyen pangó vízzel teli edényben, mert így a gyökerek nem tudnak lélegezni. Ezután következik a gyökérnyak, mely a gyökérzet és a törzs közötti rész, majd a törzs, melyet kívülről elöregedett háncsréteg borít. Ez védi a fatestet a kártevőktől és az időjárási viszontagságoktól. Ezután pedig az ágak, vesszők, levelek és rügyek követeznek.

Rügyek: A bonsai fa összes föld feletti része a rügyben megtalálható kezdeményként. A hajtás és levélrügyek általában hegyesek, míg a virágrügyek többnyire legömbölyítettek. Van olyan eset is, amikor a rügy nem hajt ki, nyugalmi állapotban marad. Ha az aktív rügyek a fagyok miatt elfagynak ezek az alvórügyek aktivizálódnak. A csúcsrügy a hajtás végén van, a hajtás növelésében van szerepe. Az oldalrügyek többnyire gyengébbek, ezek biztosítják a növény oldalirányú terjeszkedését. A mellékrügyek pedig nem túl gyakori képződmények. A csúcsrügy mellett helyezkednek el, és csak akkor hajtanak ki, ha a csúcsrügy elpusztul.

Levelek: Esztétikailag van fontos szerepe a levélnek, széppé, tetszetősebbé teszi a növényt. Egy bonsai esetében is szükséges, hogy legyen levél, mert ezzel is szebbé tesszük munkánkat, viszont túl soknak sem szabad lennie, a szemnek kellemes látványt kell adnia egy bonsai fának, ezért csak mérsékelten lehetnek rajta levelek. A levél levéllemezekből áll, mely erezetes, s a levéllemez levélnyélhez csatlakozik, mely a szárhoz köti a levelet. Módosulhatnak, átalakulhatnak, fenyőtűvé, tövissé, kaccsá, húsos pikkellyé, vagy a virágnak valamilyen részévé.

Az aljnövényzet, "kis erdő": Az erdőültetés az egyik olyan öröm, mellyel a már némi tapasztalatot szerzett bonsai készítő meglepi magát. Olyan fajokat alkalmazzuk, melyek alkalmasak a csoportos élethez, és a társakkal megosztott, korlátozott földmennyiséghez. Nem tanácsos különböző fajokból kialakítani a "kis erdőt". Az egy fajból álló ligetek ugyanolyan szépek, és lényegesen könnyebben gondozhatók. Az aljnövényzet amellett, hogy széppé teszi alkotásunkat, csökkenti a vízpárolgást, és öntözésnél nem mosódik ki könnyen a föld. A japán kertészek által leggyakrabban használt aljnövényzetet alkotó fajok a mohák. Csak az üvegházból beszerezett mohafajok bírják a szobahőmérsékletet. Az bonsai aljnövényzetének kialakításánál kerüljük a zsúfoltságot.